El rincón de Tom Sawyer
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Integrando el genoma al ciberespacio

5/18/2020

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Johnson-A, Jorge-H
Ing. y Est.Bio EAFIT
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​Resumen
Los grandes volúmenes de información presentes en repositorios alrededor del planeta son el resultado de un nuevo estándar de comunicación global. Pero debido a su intenso uso, vienen presentando problemas de capacidad, y durabilidad debido a los materiales. También hay reducciones apreciables en la velocidad del acceso ocasionada por la simultaneidad de muchos usuarios.
    Nuevas técnicas de almacenamiento se proponen, como es el caso del uso de ADN, molécula presente en células de seres vivos con habilidades de compresión y alta durabilidad en el tiempo, y que posiblemente no tarden mucho en integrarse a los medios actuales de almacenamiento.

Palabras clave
    Información, datos, codificación, latencia, representación, densidad, estabilidad, almacenamiento, ADN.


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Técnicas RT-qPCR y ELISA para el diagnóstico de COVID-19: una comparación y elección para el contexto colombiano.

4/8/2020

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Síntesis.
Johnson-A, Jorge-H
Ing. y Est. Biol (Eafit)

 
Resumen.
El mundo entero se comenzó a enfrentar a una pandemia cuyo origen se ubicó geográficamente en la localidad de Wuhan en diciembre de 2019. El virus, un coronavirus al que se le denominó SARS-CoV-2 por su relación filogenética con otros coronavirus, como el SARS-CoV y el MERS-CoV, ha puesto a temblar las economías del mundo, y ha hecho que el sector salud se vea enfrentado a una escasez en recursos médicos al no estar preparados para tal crisis pandémica. Dado lo novedoso del virus, las pruebas diagnósticas escasean, no hay vacunas, y los tratamientos son improvisados. Muchas pruebas diagnósticas se vienen utilizando en todo el mundo: en particular hay dos pruebas muy sensibles y específicas: la prueba especializada RT-qPCR y la prueba ELISA bastante poderosa y fácil de usar. A pesar de que ambas tienen sus ventajas y desventajas, la revisión del contexto colombiano, un país pobre debido a sus altos índices de corrupción, en donde hay poco entrenamiento en técnicas biomoleculares, y poco recurso científico, deja claro que se debe trabajar con pruebas de bajo costo, fáciles de usar, y que entreguen resultados lo más inmediatos posibles.
ELISA entonces se convierte en una excelente prueba candidata. Colombia usa POCT (Point Of Test Care) de bajo costo que no compite con ninguna de estas dos técnicas en calidad de resultados, y solo procede con una prueba RT-qPCR en aquellos casos en que, por suerte, no salgas falso negativo.
Keywords: COVID-19, SARS-CoV-2, RT-qPCR, ELISA, técnica molecular
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La enzima Mutasa Fosfoglicerato.

5/25/2018

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Por: Jorge Johnson.
​La glucólisis es un proceso catabólico definido por un conjunto de reacciones coordinadas que se encargan de la extracción de energía desde glucosa, al romperla en dos moléculas de pyruvato. 
La mutasa fosfoglicerato o PGM (del inglés Phosphoglycerate mutase), es una enzima que cataliza la isomerización de sustratos de fosfoglicerato, en uno de los pasos de la segunda fase de generación energética del proceso. En general, las enzimas PGM, aisladas desde diferentes fuentes, presentan diferentes mecanismos de reacción: las aisladas desde levadura y desde músculo de conejo, que forman intermediarios fosfoenzimáticos, usan 2,3-bifosfoglicerato (2,3-BFG) como cofactor, y sufren transferencias intermoleculares de grupos fosforilo, donde el 2-fosfoglicerato (2PG) no viene del sustrato 3-fosfoglicerato (3PG).


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​ENSAYO:Micro particulado atmosférico, y su impacto en sistemas biológicos urbanos en la ciudad de Medellín.

5/23/2017

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ANTROPOLOGÍA BIOLÓGICA.
Mayo 23 de 2017
Por: [Jorge Johnson]
La atmósfera que respiramos es un compuesto que denominamos aire. El aire, en general, se espera compuesto por gases útiles, no sólo a los humanos, sino a muchos otros seres vivos. La atmósfera también nos protege de rayos que provienen de fuera del planeta Tierra, y que pueden ser letales para la vida. De hecho, fue la creación de una atmósfera la que finalmente permitió la evolución de organismos eucariotas, esto es, seres cuyas células contienen un núcleo para almacenar la información genética que expresa su composición y funcionamiento. (Nelson, y Cox, 2005).
El aire atmosférico se compone, en gran porcentaje, de los gases nitrógeno, oxígeno y argón. Otros gases presentes en la atmósfera representan una proporción menor, pero también muy importantes, son el vapor de agua, el dióxido de carbono, el metano, el neón, y otros en menor cuantía. (Zimmer, 2013). Todos estos gases son recogidos por los organismos que respiran ese aire, y su aporte al metabolismo impacta directamente su salud. 


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REPORTE: Caldo experimental para Ganoderma lucidum

5/21/2017

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Mayo 21 de 2017
​Por: [Jorge Johnson] 
RESUMEN:
A partir de la elaboración de 4 cultivos, Ganoderm, Sabouraud, PDB, y Exp, tres de control, y el último experimental, se intentó crear un caldo de bajo costo a partir de malta y de extracto de levadura, buscando alternativas al agar Ganoderm, actualmente costoso de elaborar. El hongo Ganoderma Lucidium es útil en la generación de polisacáridos biológicamente activos con potenciales propiedades medicinales. Se sembró el hongo por duplicado en los 4 caldos, con crecimiento de quince días. Se extrajo la biomasa por filtrado y secado. Finalmente se hizo extracción y cuantificación de polisacáridos usando técnicas Dubois, y obteniendo concentraciones para los pares Ganoderm=(485 μg/L ,485 μg/L), Saboreau=(557.5 μg/L, 557.5485 μg/L), PDB=(107.74 μg/L, 195.99), Exp=(120.23 μg/L, 103.99). Se obtuvieron muy bajos niveles de polisacáridos para ambos caldos, PDB y Exp, asociados finalmente a contaminación por bacteria de la cepa origen del hongo, por lo que se recomienda repetición del procedimiento para PDB y Exp. 
caldo_de_cultivo_exp_ganoderma_lucidum.pdf
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ENSAYO:Evolución del lenguaje: una perspectiva biológica

4/2/2017

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ANTROPOLOGÍA BIOLÓGICA.
Abril 2 de 2017
Por: [Jorge Johnson]
El lenguaje hablado es una característica única entre los hominini, que hoy sigue retando a expertos y científicos de todo el mundo en la afanada búsqueda por develar los misterios del origen y la evolución del lenguaje. Tener una visión clara de cómo y cuándo se originó el lenguaje, y de qué forma y desde cuándo ha venido evolucionando a la par con los humanos, es uno de los grandes temas que más desvela a expertos relacionados con áreas de la psicología cognitiva, la paleontología, la arqueología, la antropología, la lingüística, la biología y la geología, entre otras áreas del saber. 

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No puedes depender de tus ojos cuando tu imaginación está fuera de foco -Mark Twain-
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